Thị trấn An Phú được thành lập vào ngày 12 tháng 1 năm 1984 trên cơ sở tách ấp Phước Thạnh của xã Đa Phước và một phần ấp 4 của xã Phước Hưng[1]. Khi mới thành lập, thị trấn thuộc huyện Phú Châu.

Ngày 13 tháng 11 năm 1991, huyện Phú Châu được chia lại thành hai huyện An Phú và Tân Châu, thị trấn An Phú trở thành huyện lỵ huyện An Phú.